深港协同创新中心位于福田区市花路与蓝花道交汇处长富金茂大厦1号楼，成立于2017年于9月。该中心是河套深港科技创新合作区内首个高端科研落地项目的启动区，已引进粤港澳大湾区数字经济研究院、香港科技大学创新创业项目、金砖国家未来网络研究院中国分院等国际组织、高端科研机构和香港高校等项目，集中展示了粤港澳三地及国际高端科技创新资源。

该中心44楼设有河套深港科技创新合作区展示交流中心，是合作区对外交流的重要窗口和工作成效展示的重要平台，可全方位实景展示合作区规划建设最新情况。