河套深港科技创新合作区深圳园区发展署，简称河套发展署，成立于2024年1月，为市政府直属事业单位，按照法定机构模式运作，不定编制和机构规格，实行灵活的用人机制和薪酬分配机制，以及财政稳定支持和市场运营相结合的资金筹措机制。

河套发展署依据国务院印发的《河套深港科技创新合作区深圳园区发展规划》及深圳市委、市政府出台的有关规章制度运作，依法负责统筹推进河套深港科技创新合作区深圳园区建设发展，承担深港科技合作、科技体制机制创新、开发建设、产业发展、运营管理、科技服务等职责。 

现已成立深圳市建设河套深港科技创新合作区领导小组，作为“市推进粤港澳大湾区和中国特色社会主义先行示范区建设领导小组”框架下的专项工作机制，负责统筹协调深圳园区建设发展，研究解决重大问题。领导小组办公室设在市发展改革委，主任由常务副市长兼任。

河套发展署党组书记由福田区委书记兼任，设署长1名、副署长2名；内设机构6个，分别为综合协调部、制度创新部、建设推进部、产业发展部、人才工作部、对外合作部。深圳深港科技创新合作区发展有限公司划归河套发展署管理，聚焦主责主业，专司深圳园区建设运营工作。

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