2025年，河套深圳园区首阶段发展取得显著成果，与香港园区设施互联、服务共享、创新协作取得新成效，累计落户52家高端科研机构、顶尖企业研发中心。新增河套数学与交叉学科研究院、北大河套科创中心、国际先进技术应用推进中心等8个高水平科研机构及企业，中国科学院香港创新研究院在河套设立子公司。深圳市人民政府与复旦大学签署战略合作框架协议，将在河套设立“深圳复旦研究院”；康养医疗机器人研发及应用中试中心在河套启动筹建。粤港澳大湾区数字经济研究院AI4Science 团队论文作为封面文章发表于 Cell《Patterns》；常压下突破麦克米兰极限的高温超导材料体系等重磅科研成果接连产出。

　　11月3日，国家移民局公布推出支持扩大开放服务高质量发展10项创新举措，提出支持促进河套深港科技创新合作区深圳园区生产要素高效跨境流动。在合作区科研院所、科技创新企业等机构工作的符合条件的内地人才，可申办3年多次有效往来香港、澳门人才签注，申请时免予提交人才证明。允许新兴、初创企业首年度免纳税额办理往来港澳商务备案，对高新技术、高端制造等重点企业机构往来港澳备案人数名额予以倾斜。在皇岗、福田口岸设置合作区专用通道，允许深圳园区内企业机构工作人员经福田保税区一号通道入出境，为经常进出合作区的企业机构工作人员提供边检快捷通关便利，为因重大项目、重要活动等需紧急进出合作区人员提供预约通关服务。为运输科研物资进出合作区车辆开设绿色通道，提升科研物资通关效率。

　　12月22日，在香港特别行政区行政长官李家超和中央港澳办、香港中联办、省市领导等见证下，港深创新及科技园（河套香港园区）开园，同时宣布河套西跨河连接桥正式启动建设。此项工程采用“一跨过河”的方案建造，将成为联系“一区两园”的新标志，联通大湾区创新脉络。河套深圳园区（香港）科创合作中心亦于当天揭牌，深港科技创新合作迈上新台阶。

　　2025年，省政府下放教学、科研用麻醉药品、精神药品制剂、标准品和对照品购用审批等8项与河套相关的省级行政职权。

　　12月25日至26日，市七届人大常委会第四十二次会议审议通过《深圳经济特区河套深圳园区条例》。条例围绕构建深圳园区管理体制、加强深圳园区空间保障、探索特殊监管制度创新、深化深港科创合作改革、加强园区服务保障、营造国际化法治环境等6个方面进一步强化制度设计，将为河套深圳园区高质量发展提供坚实法治保障。

　　2025年，河套深圳园区科技创新规划、跨境交通规划和科研体制机制改革方案出台实施，“十五五”规划、产业发展规划编制取得阶段性成果，连同2024年出台的空间规划，标志着河套深圳园区各领域专项规划体系、中长期发展规划体系全面成型。

　　9月，深圳河套学院正式建成投用，首批来自内地和港澳地区37所参建高校的新生入学。学院突破传统培养框架，不以标准化考试入学、学分累积培养和论文答辩毕业作为唯一的学术评价标准，着力培育兼具全球视野、厚实理论基础、创新交叉思维和卓越实践能力的人工智能领军人才。

　　12月21日，皇岗口岸正式停止跨境货运车辆通关服务，口岸货检区近50万平方米土地空间释放，国际协同创新区（总建筑面积超180万平方米）北区项目正式启动建设。

　　2025年，市科创局、河套发展署联合出台河套科技服务业支持计划，河套深圳园区（福田保税区）累计集聚规上科技服务业企业27家，1至11月实现营收14.63亿元、增速34.5%，其中晶泰科技公司单笔59.9亿美元订单创我国“人工智能+新药研发”领域合作订单规模新纪录。

　　10月，市担保集团发行的“中信证券—深担集团—3号知识产权资产支持专项计划（河套合作区）”在深交所挂牌上市，首批融资4200万元，成为全国首单“知识产权跨境质押+深港资金跨境认购”的知识产权证券化“双跨境”创新项目，并首次引入境外合格投资者直接参与境内发行的知识产权证券化项目，为探索境外知识产权境内融资增信探索新路径。