河套合作区地处香港特别行政区北部和深圳市中南部跨境接壤地带，是香港北部都会区与广深港科技创新走廊的天然交汇点，面积约3.89平方公里。其中，深圳园区面积3.02平方公里，香港园区面积0.87平方公里。深圳园区规划范围包括福田保税区和皇岗口岸片区：福田保税区面积1.35平方公里，东起皇岗口岸边、南沿深圳河、西至新洲河、北至绒花路；皇岗口岸片区面积1.67平方公里，东至华强南路、南临深圳河、西至皇岗路、北至滨河大道。